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Étienne II d’Auxonne, aussi appelé Étienne III de Bourgogne-Comté (1172– † 6 mars 1241- n.s., parfois mentionné dans la littérature simplement Etienne II), fils d’Étienne Ier-II (†1173) et de Judith de Lorraine,petit-fils de Guillaume IV ou III comte de Mâcon et de Vienne et de Poncette de Traves, et arrière-petit-fils du comte Étienne Ier de Bourgogne et de Béatrice de Lorraine. Étienne III-II, comte vassal de la branche palatine de Bourgogne, prit, à la mort de son père et après une période de tutelle par son oncle Girard/Gérard/Géraud Ier, comte de Vienne et de Mâcon, la tête de la branche aînée de Bourgogne-Comté avec le titre de comte de Bourgogne et d'Auxonne. Vers 1230/1233, il était le chefde Maison. Étienne III apparaît pour la première fois dans les textes,avec son épouse Béatrice de Thiern (des vicomtes de Thiers) comtesse deChalon, dans une donation faite à Auxonne en 1188.
« Le comte Étienne était, par excellence, un grand batailleur, qui abhorrait et supportait impatiemment le joug des comtes bourguignons de labranche aînée. Les portraits que nous avons conservés de lui grâce à l'empreinte de son sceau, ne démentent pas cette vie guerrière : Étienne,le casque en tête, l'écu au bras, se tient très droit sur son cheval de guerre ; le bras, hardiment levé, brandit une épée large et recourbée, véritable cimeterre. Tout dans son allure dénote le courage, la hardiesse et l'énergie »
— Pierre-François Chifflet, Lettres touchant Béatrix, Comtesse de Chalon…, Dijon, 16563.
Il prit Béatrice de Thiern de Chalon pour épouse, qui lui donna un fils, Jean de Chalon l'Antique ou le Sage (comte de Chalon et d'Auxonne, ilassure la suite des comtes de Bourgogne de la Maison de Chalon), une fille Béatrice (femme de Simon de Joinville et mère du célèbre chroniqueur de saint Louis, le sénéchal de Champagne Jean) et une deuxième fille, Clémence, d'abord abbesse de Baume-les-Nonnes, avant que d'épouser en1212 Berthold V de Zähringen.
Mais il continua ses anciennes relations avec Blanche de Cicon dont ileut un fils, Étienne d'Oiselay. À la mort de son beau-père, il demandaet obtint la répudiation de Béatrice et vécut alors publiquement avec Blanche de Cicon. Puis, par intérêt, il épousa en 1214 Agnès de Dreux.
Étienne III, comte d’Auxonne, issu du sang des comtes de Bourgogne d’une branche (plutôt aînée que cadette !) de la maison de Mâcon-Vienne-Bourgogne Comté, évincée par la descendance de Frédéric Barberousse et deBéatrice de Bourgogne-Comté, avait conçu l’espoir de ceindre la couronne de comte souverain dont ses ancêtres avaient disposé. En Comté de Bourgogne, la mort de l’empereur Frédéric Barberousse († 1190), vrai souverain de la Comté, avait porté une sérieuse atteinte au pouvoir des palatins : l’empereur et le comte de Bourgogne cessaient d’être un même personnage. Othon Ier, qui recueillait l’héritage de sa mère Béatrice, n’exerçait qu’une influence secondaire. La faiblesse dont il faisait preuve, même s’il chercha à réduire ses vassaux à l’obéissance, encourageaitles prétentions de la branche cadette à remplacer la branche aînée. Les troubles survenus en Allemagne après la mort d’Henri VI du Saint-Empire († 28 septembre 1197), privant le palatin d’appuis venus d’Allemagnedonna l’occasion à Étienne III de mettre ses prétentions en avant.
Etienne III de Bourgogne, Etienne II d'Auxonne 
